Neben dem Eisenbahnbundesamt und der Bundesnetzagentur sind noch weitere Institutionen für die DB Netz AG zuständig. Aufgrund der Wesentlichkeit dieser beiden Institutionen, werden diese hier kurz vorgestellt:

Eisenbahnbundesamt (EBA)

Das Eisenbahn-Bundesamt (EBA) ist die Aufsichts- und Genehmigungsbehörde für die Eisenbahnen des Bundes (EdB) und die Eisenbahnverkehrsunternehmen (EVU) mit Sitz im Ausland für das Gebiet der Bundesrepublik Deutschland. Das EBA überwacht darüber hinaus die Nichtbundeseigenen Eisenbahnen (NE), die einer Sicherheitsbescheinigung oder einer Sicherheitsgenehmigung bedürfen.

Bundesnetzagentur (BNetzA)

Die Bundesnetzagentur für Elektrizität, Gas, Telekommunikation, Post und Eisenbahnen informiert über den deutschen Elektrizitäts-, Gas-, Telekommunikations- und Postmarkt, die rechtlichen Grundlagen und über wichtige Verbraucherrechte in diesen innovativen Märkten. Seit dem 1. Januar 2006 hat die Bundesnetzagentur auch die Aufsicht über den Wettbewerb im Bereich der Eisenbahnschienennetze übernommen.